Grammatically speaking, it's not modifying もの, no, but that doesn't mean it's just "an independent chunk not connected to the rest of the sentence."
One way to think of it would be that both なかには着物や忍者など and 世界中に知られているもの both connect to the predicate ~もあります
なかには着物や忍者などもあります。
世界中に知られているものもあります。
↓
なかには着物や忍者など、世界中に知られているものもあります。
This use of など is actually quite common, meaning that while ペンやインキなどの筆記用具 is correct (and as an independent noun phrase you'd need the の there to indicate the relationship), 「ペンやインキなど、筆記用具を色々買いました」or what-have-you would also be valid.