待ってなさい。=待っていなさい。
Thus, 待ってなさい is a command to stay in the state right now, whereas 待ってください is a request not to do something. The difference might be subtle in some cases, though.
command <--> polite request
待って(い)なさい <--> 待って(い)てください
待ちなさい <--> 待ってください